Το Γ.Ε.ΜΗ. εποπτεύεται από Εποπτικό Συμβούλιο, που εδρεύει στην Αθήνα, το οποίο απαρτίζεται από ένα μέλος Δ.Ε.Π. των Α.Ε.Ι. στο γνωστικό αντικείμενο της διοικητικής ή της πολιτικής ή της νομικής ή της οικονομικής επιστήμης ως Πρόεδρο, έναν δικηγόρο, με ειδίκευση στο εμπορικό δίκαιο ή στο ιδιωτικό διεθνές δίκαιο, που αποδεικνύεται από την κατοχή διδακτορικού ή μεταπτυχιακού διπλώματος, έναν ειδικό επιστήμονα με ειδίκευση σε θέματα πληροφορικής, που αποδεικνύεται από την κατοχή διδακτορικού ή μεταπτυχιακού διπλώματος, οι οποίοι ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας με τους αναπληρωτές τους, έναν εκπρόσωπο της Κεντρικής Ένωσης Επιμελητηρίων (Κ.Ε.Ε.), έναν εκπρόσωπο της Ομοσπονδίας Συλλόγων Υπαλλήλων Επιμελητηρίων, που ορίζονται από τους οικείους φορείς με τους αναπληρωτές τους.

Το Εποπτικό Συμβούλιο είναι αρμόδιο για το συντονισμό των Τμημάτων, των Υπηρεσιών του Γ.Ε.ΜΗ. και των Υπηρεσιών Μιας Στάσης, μεριμνά για την έναρξη και εύρυθμη λειτουργία του Γ.Ε.ΜΗ., συντονίζει το έργο της μετάπτωσης των αρχείων από τα Μητρώα των Επιμελητηρίων στο Γ.Ε.ΜΗ., μεριμνά για την ομοιόμορφη εφαρμογή των διατάξεων του νόμου αυτού από όλα τα Επιμελητήρια της χώρας και τις Υπηρεσίες Μιας Στάσης. Μεριμνά για την εκπαίδευση των χρηστών του Γ.Ε.ΜΗ. Παρακολουθεί τη λειτουργία, συγκεντρώνει τα προβλήματα και προτείνει προς το αρμόδιο - εποπτεύον Υπουργείο τις απαραίτητες νομοθετικές παρεμβάσεις. Επιλύει τα ανωτέρω εκδίδοντας κανονισμούς, εγκυκλίους και αποφάσεις.

Πρόεδρος του Εποπτικού Συμβουλίου είναι ο Μιχαήλ Σφακιανάκης, Καθηγητής του Τμήματος Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Πειραιώς, με αναπληρωτή του τον Μαραβελάκη Πέτρο, Επίκουρο Καθηγητή του Τμήματος Στατιστικής και Αναλογιστικών-Χρηματοοικονομικών Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Τα υπόλοιπα μέλη:

• Δημήτριος Παππάς, με αναπληρωτή του τον Δαμιανάκο Χαρίλαο, δικηγόρο.
• Γεώργιος Βαλίρης, ειδικός επιστήμονας σε θέματα πληροφορικής, με αναπληρωτή του τον Δημήτριο Βεργίνη, ειδικό επιστήμονα σε θέματα πληροφορικής.
• Γεώργιος Κασιμάτης, Πρόεδρος της Κεντρικής Ένωσης Επιμελητηρίων Ελλάδος, με αναπληρωτή του τον Παναγιώτη Αγνιάδη, Γενικό Γραμματέα της Κεντρικής Ένωσης Επιμελητηρίων Ελλάδος.
• Μιχαήλ Γιάγκας, Πρόεδρος της Ομοσπονδίας Συλλόγων Υπαλλήλων Επιμελητηρίων, με αναπληρωτή του τον Παναγιώτη Πέτκα, Αντιπρόεδρο της Ομοσπονδίας Συλλόγων Υπαλλήλων Επιμελητηρίων.

Δείτε τo ΦΕΚ σύστασης του Εποπτικού Συμβουλίου